Si parla di malattia autoimmune quando si verifica una condizione patologica provocata da una reazione immunitaria contro elementi propri dell'organismo che vengono "scambiati" per agenti estranei pericolosi e quindi attaccati per essere distrutti. 
In sostanza il nostro sistema immunitario reagisce perché non distingue più tra gli “abusivi” e gli “inquilini regolari”, attaccandoli entrambi
Le malattie autoimmuni di più frequente riscontro sono: l’artrite reumatoide, il diabete mellito di tipo I, il Morbo di Chron, la colite ulcerosa, la sclerosi multipla, il lupus eritematoso sistemico, la sindrome di Sjogren, la psoriasi, la sclerodermia, la polimiosite, le connettiviti autoimmuni e la tiroidite di Hashimoto.

Attraverso un’alimentazione corretta è possibile modificare il decorso della malattia, ridurre l’intensità ed il numero dei disturbi fisici ad essa correlati, allungare i periodi di benessere, diminuire le fasi di riacutizzazione e migliorare la prognosi.

La dieta vegetariana ha dimostrato chiari effetti positivi sulla sintomatologia in pazienti affetti da artrite reumatoide (Handerson et al. 1999).